Ainsi, l'activation de l'hypothalamus, qui déclenche des comportements innés, ne peut se faire que par la présence de stimuli intérieurs, couplés à des stimuli environnementaux.
Les dysfonctionnements du cerveau comme dans l'hypothalamus peuvent affecter le système endocrinien, qui à son tour peut entraîner des symptômes psychiatriques.
Le diencéphale désigne, en neuroanatomie des chordés, les ensembles de substance grise, de forme ovoïde constitués des thalamus, hypothalamus, épithalamus et sous-thalamus.